Dưới sự dìu dắt của nữ nhạc sĩ lừng danh Yoko Kanno, sự nghiệp của Sakamoto nổi tiếng với những ca khúc của bà, cô được gọi là học trò của Kanno. Lần hợp tác đầu tiên của họ là single đầu tay năm 1996 của Sakamoto, "Yakusoku wa Iranai", bài hát mở đầu cho anime The Vision of Escaflowne. Tất cả các single và album sau đó của Sakamoto hoàn toàn do Kanno sáng tác và sản xuất, đều thành công và đưa tên tuổi cô đến với công chúng. Không những thế, Kanno cũng là người chụp ảnh cho Sakamoto trong các đĩa hát như "Mameshiba", "Hotchpotch", "Nikopachi" và "Shounen Alice". Trong booklet của buổi hòa nhạc "Gift" (2010), Sakamoto ký tên mình là "Kanno Maaya" và chia sẻ kỉ niệm về những buổi chụp hình cùng Kanno.Cho đến album thứ 5 Yūnagi Loop (2005), Sakamoto bắt đầu hát những sáng tác của các nhạc sĩ khác, album này không có bài nào của Kanno. Cô cũng tham gia lồng tiếng và hát cho rất nhiều soundtrack phim hay game mà Kanno sản xuất, như Wolf's Rain, RahXephon, Napple Tale hay Ghost in the Shell. Năm 2008, Sakamoto và Kanno trở lại hợp tác trong single "Triangler", bài hát mở đầu cho series phim rất thành công là Macross Frontier.[9]. Triangler trở thành single bán chạy nhất trong sự nghiệp của Sakamoto từ trước đến nay, xuất hiện trong top 100 single của năm 2008 theo thống kê doanh số của bảng xếp hạng Oricon.
Trong buổi hòa nhạc "Gift" kỉ niệm sinh nhật lần thứ 30 của Sakamoto tổ chức năm 2010 tại Nippon Budōkan, Yoko Kanno đã xuất hiện với tư cách là khách mời đặc biệt. Giữa tháng 6 cùng năm, họ cùng cho ra mắt single số Utsukushii Hito (美しい人, Người đẹp?), bài hát chủ đề cho một dự án văn hóa hợp tác Trung Quốc - Nhật Bản.
Sakamoto thường tự viết lời cho các bài hát của mình. Những người khác thường viết lời bài hát cho cô là tác giả, nhạc sĩ Iwasato Yuho và Tim Jensen. Ngoài Kanno, Suzuki Shoko cũng là nhạc sĩ, đồng nghiệp thân thiết thường sáng tác ca khúc cho Sakamoto. Suzuki đã xuất hiện trong "Gift" với chiếc bánh sinh nhật mừng tuổi 30 cũng như kỉ niệm 15 năm ca hát của Sakamoto. Trong album tổng hợp Everywhere, lần đầu tiên Sakamoto thử sức với bài hát cùng tên do chính cô viết cả nhạc và lời.